プレハブを削除したとこでMissingになってしまったインスタンスの解決

プレハブを削除するとHierarchy上で赤く表示され、InspectorにMissingと表示されてしまいます。

これを解決するにはインスタンスを選択しておき、GameObject/Break Prefab Instance

これでプレハブとの参照がきれます。